Fakültemiz Bakanlar kurulunun 2012/3527 sayılı kararı ile kurulmuş olup, 08 Eylül 2012 tarihli 28405 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan karar şöyledir:
“Afyon Kocatepe Üniversitesi Rektörlüğüne bağlı olarak İslami İlimler Fakültesi kurulması; Millî Eğitim Bakanlığının teklif ve yazısı üzerine, 28.03.1983 tarihli ve 2809 sayılı Kanunun ek 30 uncu maddesine göre, Bakanlar Kurulu’nca 25.07.2012 tarihinde kararlaştırılmıştır.”
Fakültemiz kurucu dekanlığına ise, Yükseköğretim kurulu Başkanlığının 28.12.2012 tarih ve 464-13348 sayılı yazısı ile Prof. Dr. Remzi KAYA atanmıştır. ÖSYM 2013 yılı kontenjanı ile Fakültemize 80 birinci öğretim ve 80 ikinci öğretim olmak üzere toplam 160 öğrenci İslami İlimler Bölümüne, 60 öğrenci de Din Kültürü ve Ahlak Bilgisi Öğretmenliği Bölümüne olmak üzere 220 kontenjan verilmiş ve böylece 2013- 2014 öğretim yılında eğitim ve öğretim başlamıştır.
İslami İlimler Fakültesi şeklinde olan fakülte adımız 15 Eylül 2023 tarihli Resmi Gazete’de yayımlanan Cumhurbaşkanı Kararı ile “İlahiyat Fakültesi” olarak değiştirilmiştir.