Afyon Kocatepe Üniversitesi İlahiyat Fakültesi, Türkiye’de dinî yükseköğretimin gelişim sürecinin bir parçası olarak, çağın ihtiyaçlarına cevap verebilecek nitelikli ilahiyat eğitimi vermek amacıyla kurulmuştur. Fakültemizin kuruluşu, Bakanlar Kurulunun 25 Temmuz 2012 tarihli ve 2012/3527 sayılı kararıyla gerçekleşmiştir. Söz konusu karar 08 Eylül 2012 tarihli ve 28405 sayılı Resmî Gazete’de yayımlanarak yürürlüğe girmiştir. Bu karar doğrultusunda Afyon Kocatepe Üniversitesi Rektörlüğüne bağlı olarak İslami İlimler Fakültesi kurulmuştur.
Kuruluş çalışmalarının tamamlanmasının ardından Fakültemizin kurucu dekanlığına, Yükseköğretim Kurulu Başkanlığının 28 Aralık 2012 tarihli ve 464-13348 sayılı yazısı ile Prof. Dr. Remzi KAYA atanmıştır. Fakültemiz, 2013-2014 eğitim-öğretim yılında öğrenci kabul ederek akademik faaliyetlerine başlamış ve kuruluşundan itibaren dinî ilimler alanında nitelikli eğitim vermeyi, ilmî araştırmalara katkı sunmayı ve toplumun dinî, kültürel ve ahlaki ihtiyaçlarına cevap verebilecek yetkin bireyler yetiştirmeyi temel hedef olarak benimsemiştir.
Kurulduğu günden itibaren eğitim-öğretim faaliyetlerini sürdüren Fakültemiz; akademik kadrosunun gelişimi, eğitim imkânlarının çeşitlenmesi ve bilimsel faaliyetlerinin artmasıyla birlikte bölgesinde önemli bir ilahiyat eğitim merkezi hâline gelmiştir. Fakültemizde Temel İslam Bilimleri, Felsefe ve Din Bilimleri ile İslam Tarihi ve Sanatları alanlarında eğitim-öğretim ve araştırma faaliyetleri yürütülmektedir.
Afyonkarahisar’ın tarihî, kültürel ve ilmî birikiminden beslenen Fakültemiz; geleneksel İslam ilim mirasını çağdaş akademik yaklaşımlarla buluşturmayı amaçlayan bir eğitim anlayışına sahiptir. Bu çerçevede öğrencilerimizin yalnızca alan bilgisi bakımından yetkin bireyler olarak değil; aynı zamanda kültür, sanat, düşünce ve sosyal bilimler alanlarında kendini geliştirmiş, dünyayı ve insanı doğru okuyabilen, geniş perspektifli ilahiyatçılar olarak yetişmeleri hedeflenmektedir.
15 Eylül 2023 tarihli Resmî Gazete’de yayımlanan Cumhurbaşkanı Kararı doğrultusunda Fakültemizin “İslami İlimler Fakültesi” olan adı “İlahiyat Fakültesi” olarak değiştirilmiştir. Bu değişiklikle birlikte Fakültemiz, ilahiyat alanındaki akademik kimliğini daha güçlü şekilde temsil etmeye başlamış ve Türkiye’deki ilahiyat yükseköğretimi içerisindeki yerini pekiştirmiştir.
Kuruluşundan itibaren Ahmet Karahisari Kampüsü’nde hizmet veren Fakültemiz, 21 Ekim 2024 tarihi itibarıyla Üniversitemizin ana yerleşkesi olan Ahmet Necdet Sezer Kampüsü’nde bulunan İlahiyat Fakültesi Özcan Halaç Eğitim Binasına taşınmıştır. Yeni hizmet binası ile Fakültemiz, öğrencilerine nitelikli bir eğitim ortamı sunmanın yanı sıra sosyal, kültürel ve akademik gelişimlerini destekleyecek imkânlar sağlamayı da önemsemektedir. Modern eğitim anlayışına uygun derslikleri, çalışma alanları, kütüphane imkânları ve çeşitli akademik-kültürel faaliyetleriyle öğrencilerin kendilerini geliştirebilecekleri bir ortam oluşturmayı hedeflemektedir.
2025-2026 eğitim-öğretim yılı sonu itibarıyla toplam 1430 öğrencisini mezun eden Fakültemiz, yetiştirdiği ilahiyatçı, eğitimci ve din hizmetleri alanında görev yapan mezunlarıyla ülkemizin dinî, akademik ve kültürel hayatına katkı sunmaya devam etmektedir.